最近はセキュリティが厳しくなっていて、内部通信でも証明書を使った暗号化通信が当たり前の時代になってきているので、このあたりは意識したほうがいいですね。
実は個人ストアでも利用することは可能なんですが、おすすめはWeb ホスティングストアです。よくブログなどでサーバー証明書を個人ストアに格納していることがありますが、違いはというと以下のサイトが参考になりました。
サーバ証明書を「Web ホスティング」ストアではなく、「個人」ストアに保存していませんか。
20から30程度の証明書数であれば「個人」ストアへの保存で問題ありませんが、30以上の証明書を管理している場合は「Web ホスティング」ストアに移動することをお勧めします。
「Web ホスティング」ストアは、多数の証明書を管理するよう設計されています。※引用元
https://rms.ne.jp/howto/move/move-certificate-to-another-certificate-store.html
mmcで証明書の切り取り、貼り付けで移動できるようです。個人に格納していて移動したい場合は参考にしてみてください。